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甲午战败后，以康有为、梁启超等人为杰出代表的维新志士，发起了以救亡图存为号召的变法维新运动。他们认为：要救亡图存，只有学习外国，实现维新变法，而维新变法，必须从废科举、兴学校做起。

1896年，维新派大臣李端棻在给清廷的《请推广学校折》中，第一次正式提出设立“京师大学”。1898年6月，光绪皇帝颁布《明定国是诏》，正式宣布变法，其中第一项改革政令就是创办京师大学堂。

（下图）7月4日，光绪帝批准开办京师大学堂，由管学大臣督率办理。校址设在地安门马神庙和嘉公主旧第（景山东马神庙）。

正当京师大学堂积极筹办的时候，戊戌政变发生。政变后，维新派的改革措施几乎全被废除。京师大学堂虽然保留了下来，仍旧招生开学，但仅设了仕学院，让举人、进士出身之京曹入院学习，同时附设中小学。1900年，庚子之乱后，京师大学堂停办。

（右图）辛丑条约签订后，清政府下令恢复京师大学堂，并任命张百熙为管学大臣。

（下图）1902年8月，张百熙主持拟定了一套学堂章程上奏，经清政府批准颁行，称为《钦定学堂章程》。

由于没有合格的学生来源而国家又急需人才，大学堂决定先开办预备科和速成科。速成科分为两门：仕学馆和师范馆。事实上，这时候的京师大学堂只开办了仕学馆和师范馆。师范馆招生79人，仕学馆招生57人。

1903年底，清政府先后任命荣庆、张之洞会同张百熙管理大学堂事宜，重新修订学堂章程。1904年1月，新的章程颁布，称为《奏定学堂章程》。

1904年初，清廷派张亨嘉为京师大学堂总监督。后来先后接替担任京师大学堂监督的还有：李家驹、朱益藩、刘廷琛。

1903年4月，沙俄拒绝从我国东北撤军，反向清政府提出7条无理要求。清政府准备订立中俄密约，接受俄国提出的无理条款。京师大学堂师生群情激愤，当即“鸣钟上堂”，举行集会，要求政府“力拒俄约”。这次爱国运动是我国大学生因国家外交问题向政府请愿的开端，是我国近代学生运动史上的创举。

（左图）发表在《大公报》上的《京师大学堂师范、仕学两馆学生上管学大臣请代奏拒俄书》和师范馆全班学生递送的《请政务处代奏书》。在前者上面签名的师范馆学生有67人，占绝大多数，仕学馆只有6人。